ダイアログをメインアプリケーションの背後へ

モーダルダイアログではどうかは分かりませんが、モーダレスで確認できました。
CDialogのCreate関数で親ウィンドウをしてする引数に、GetDesktopWindow() の戻り値を指定すると、背面に移動できるダイアログが作成できます。