WordPressで機能拡張したい場合に、直接WordPressのファイルをいじってもいいのですが、フィルタを使うことで、コアな部分を変更しなくても機能を拡張できます。
WordPressには様々な処理が動いていますが、動作に合わせてフィルタも用意されています。
フィルタの適用は、applyFilters()関数を利用します。
フィルタの登録は、addFilter()関数を利用します。
フィルタを適用したい箇所は、WordPress Codexのプラグイン API、アクションフック一覧、フィルターフック一覧のページ、で調べることもできますし、WordPressのソースに対して、applyFiltersをGrepしてもOKです。
フィルタを使う場合、テーマフォルダにあるfunctions.phpを編集するか、プラグインを作成する方法があります。
テーマに依存させたくない場合はプラグインを作るのがよいでしょう。
記事の紹介ばかりになりましたが、メモなので。